[Portrait] Frédéric Péréfarres, chercheur en phytopathologie

Comment devient-on chercheur en phytopathologie ? Portrait d’un jeune chercheur, Frédéric Péréfarres*, spécialiste des bégomovirus, virus notamment responsables de maladies sur tomate.

Des études centrées autour de la phytoprotection et l’amélioration des protections végétales

Issu du milieu agricole, rien ne prédestinait pourtant Frédéric Péréfarres à devenir chercheur en phytopathologie. Ce n’est qu’après un bac scientifique à Bordeaux en 2000 suivi d’un DEUG de biologie cellulaire, que Frédéric opte en 2002 pour un IUP en agro-sciences à Avignon, et au cours duquel il découvre et se passionne rapidement pour la phytoprotection et l’amélioration des protections végétales. S’en suivent des stages en Espagne au Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIS), l’équivalent du CNRS, puis au sein d’une entreprise semencière De Ruiter spécialisée dans l’amélioration variétale. Dès lors, Frédéric ne quittera plus le domaine du végétal et intègre en 2005 le master II Technologies du végétal à Angers, pour ensuite réaliser son stage de fin d’études aux Antilles, consacré à la surveillance du territoire et au suivi d’une population virale sur les champs de bananiers en Guadeloupe.

Une thèse en "épidémiologie et contrôle durable des bégomovirus chez la tomate"

En 2007, il débarque finalement à la Réunion dans le cadre d’un VCAT (Volontariat Civil à l'Aide Technique) au sein de l’UMR PVBMT (Peuplement Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical) du Cirad et participe à la mise au point de tests de diagnostic pour la détection d’une bactériose Xanthomonas sur l’anthurium. Moins d’ un an ½ plus tard, le Cirad lui propose alors d’entamer un travail de thèse en "Épidémiologie et contrôle durable des bégomovirus chez la tomate". « Le genre des bégomovirus regroupe le plus grand nombre d’espèces virales émergentes d’importance économique, explique Frédéric. A ce titre, et tout particulièrement en milieu tropical, la lutte contre les bégomovirus représente une question d’importance fondamentale pour l’agriculture de subsistance ». Au travers d’un modèle des maladies à bégomovirus sur tomate, l’objectif de la thèse de Frédéric a donc été de comparer biologiquement les différentes espèces de bégomovirus présentes dans les départements d’outre-mer et plus particulièrement à la Réunion, pour ensuite caractériser des sources de résistance alternatives et complémentaires dans une optique de diversification des sources de résistance pour un contrôle durable de ces virus.

Une ambition : créer de la valeur ajoutée au cœur de la graine

Frédéric soutiendra finalement sa thèse en 2012. « A posteriori, je m’aperçois de l’aspect pluridisciplinaire de ces trois années de thèse, qui m’auront évidemment permis d’aborder la génétique des plantes, mais aussi d’autres disciplines connexes comme la virologie ou même les statistiques. La pluridisciplinarité de ma thèse et du Pôle de Protection des Plantes (3P) dans lequel j’évoluais, me permet vraisemblablement aujourd’hui de pouvoir jouer le rôle d’intermédiaire entre spécialistes, qu’ils soient spécialistes d’une plante, d’un pathogène ou même d’un marché économique ».
Désormais chercheur en phyto-pathologie au sein de Enza Zaden, entreprise horticole spécialisée dans la production de semences basée à Enkhuizen aux Pays-Bas, Frédéric est en charge de plusieurs projets de recherche directement liés à la problématique des bégomovirus dans la mise en place de nouvelles variétés de légumes. « Enza Zaden crée de nouveaux catalogues de variétés apportant un vrai plus sur le marché, qu’il soit simplement agronomique (couleur, goût…) ou répondant à des contraintes de production, en fonction des virus et pathogènes présents dans la zone géographique de culture. Plus globalement, notre entreprise s’attache à créer de la valeur ajoutée que l’on va retrouver au cœur de la graine pour que, in fine, les agriculteurs puissent proposer de meilleurs produits et créer à leur tour de la richesse, à leur échelle ».

* Frédéric Péréfarres était récemment l’auteur principal d’un article (1) intitulé « Exclusion between two strains of an emerging virus Frequency-dependent assistance as a way out of competitive », publié dans Proceedings of the Royal Society B (Biological Sciences). (1) Frédéric Péréfarres, Gaël Thébaud, Pierre Lefeuvre, Frédéric Chiroleu, Loup Rimbaud, Murielle Hoareau, Bernard Reynaud and Jean-Michel Lett 

Summary :

The competitive exclusion principle states that two species competing for the same limiting resources cannot coexist. Following emergence of the IL strain of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) in a niche occupied by another TYLCV strain, a survey revealed that TYLCV-IL was displacing the resident strain. Single infections performed in the laboratory demonstrated the better within-plant accumulation and vector transmission of the invading strain. These experiments showed, however, that the relative fitness of the strains drastically changes in mixed infections. A model parameterized with our data predicts long-term coexistence for the two strains through assistance by the fitter strain.