Comment classer les virus ? Quelle nomenclature utiliser ?
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Taxonomie
L'évolution rapide des connaissances en la matière, l'implication d'un nombre croissant de virus dans tous les domaines de la biologie et de la médecine ont imposé d'autres priorités scientifiques que la mise en place d'un vocabulaire spécifique. Par ailleurs, une nomenclature précise suppose une classification des virus tout aussi précise ; or, la taxonomie virale a quelque peu erré avant d'atteindre sa structuration actuelle.
Progressivement la classification des virus s’est organisée en espèces, genres, familles, définis par un ensemble de caractères communs. Les virus des plantes comptent actuellement 64 genres. Les virus sont classifiés selon divers critères tels que leur géométrie, la présence ou non d'enveloppe, l'identité de leurs hôtes potentiels, leur mode de transmission, ou par les symptômes causés. La plus pratique des classifications est probablement par le type d'acide nucléique du virus et par son mode d'expression. Cette classification a été proposée par David Baltimore, lauréat du prix Nobel de médecine en 1975. On notera qu'aucune des classifications n'est censée être phylogénétique, vu que les virus ne partagent pas d'origine commune. Il est à noter que la taxonomie des virus est en constant remaniement.
Nomenclature
La nomenclature des virus n'est pas évidente à utiliser lorsque l'on n'est pas virologiste. Alors que les organismes cellulaires disposent d’une terminologie binomiale en latin, les noms des virus s’inspirent en général des symptômes provoqués chez l’hôte. Italiques, acronymes, majuscules, comment désigne-t-on un virus ?
Dans leur utilisation formelle, les noms officiels des ordres, familles, sous-familles et genres viraux sont décrits en italique avec leur première lettre en majuscule. Depuis 1998, cette règle s'étend à l'espèce. Lorsque ce taxon est en italique, cela signifie que le virus à été officiellement reconnu par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), organisme officiel en charge de la taxonomie des virus. ( pour en savoir plus voir le document dans l'encadré )
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