Vers une taxonomie des bégomovirus responsables de la mosaïque du manioc à Madagascar...

Dans de nombreux pays africains, le manioc représente une source de nourriture importante et une réserve en cas de famine. Un des principaux facteurs limitant de cette culture en Afrique est la maladie de la mosaïque du manioc (CMD). A Madagascar, les symptômes de cette maladie sont importants. "Dans le but d'identifier, à l'aide d'outils moléculaires, les agents pathogènes responsables de cette maladie à Madagascar, nous avons accueilli le Dr. Sahondra Ranomenjanahary (FOFIFA) au sein de notre équipe, au Pôle de protection des plantes à la Réunion", explique Jean-Michel Lett du Cirad (UMR PVBMT).

Ses travaux ont portés sur 104 échantillons de feuilles de manioc, issus de sa propre collection et collectés dans le cadre d'une mission d'expertise du PRPV à Madagascar, principalement sur les Hauts Plateaux et la région de Tamatave. L'amplification par PCR (Polymerase Chain Reaction) et le séquençage direct a permis d'obtenir 92 séquences partielles de génomes de bégomovirus.

"L'analyse de ces séquences suggère que les trois grands types génomiques responsables de la CMD en Afrique sont présents à Madagascar", révèle Sahondra Ranomenjanahary. "Madagascar représenterait ainsi un hot spot de diversité génétique des bégomovirus responsable de la CMD en Afrique", ajoute Jean-Michel Lett. L'importance de la recombinaison dans l'évolution de ces virus et l'émergence de nouveaux variants plus agressifs et donc plus dommageable pour l'agriculture montrent qu'un risque épidémiologique majeur est sous-jacent (pour preuve, une épidémie très sévère de CMD a eu lieu à Madagascar dans les années 1930s).

Ce travail devra être approfondi en réalisant un échantillonnage exhaustif plus représentatif des différentes régions de Madagascar, et des travaux moléculaires plus avancées afin de réaliser une taxonomie complète des bégomovirus responsable de la CMD.