Comme dans le cas de toutes les espèces de mouches ces fruits, la lutte contre Bactrocera invadens doit faire appel à un ensemble de méthodes complémentaires. Elle sera d’autant plus efficace qu’elle sera menée à une large échelle dans l’espace et le temps (« area-wide management »).
 Dans la lutte contre cette espèce, une forte priorité doit être donnée aux méthodes de lutte les plus spécifiques comme la MAT (Male Annihilation Technique (ou Technique d’Elimination des Mâles), qui permet de diminuer fortement les populations de ces derniers, et est souvent associée à des traitements localisés. Pour cette espèce, la MAT est basée sur des diffuseurs de méthyl-eugénol, qui attire fortement les mâles de l’espèce, associés à un insecticide, dans un piège ou un dispositif du type « attract and kill ». La surveillance des populations (par piégeage au méthyl-eugénol) permet d’effectuer les interventions en fonction de seuils préalablement définis, et de vérifier l’efficacité de la lutte.

Pour les zones réservoirs, la lutte biologique (voir ci-dessous) est un élément important d’un programme de lutte intégrée.

La destruction / enfouissement des fruits tombés reste une méthode prophylactique indispensable susceptible de diminuer fortement le niveau des populations.

L’utilisation de traitements correctifs à base de pyréthrinoïdes de synthèse peut être ponctuellement nécessaire lorsque des méthodes plus spécifiques ne permettent pas un contrôle suffisant des populations du ravageur.

Un parasitoïde ovo-pupal, Fopius arisanus, d’origine asiatique, a montré en laboratoire une bonne efficacité sur Bactrocera invadens (résultats ICIPE). L’espèce, qui a récemment été acclimatée à la Réunion où elle un impact fort sur les populations de B. zonata, pourrait avec profit faire l’objet de tentatives d’acclimatation dans les pays contaminés par B. invadens. Le cortège d’ennemis naturels de la mouche peut par ailleurs faire l’objet de mesures de gestion de l’habitat visant à favoriser ces derniers.