La lutte intégrée contre le chancre bactérien des agrumes comprend un ensemble de techniques (prophylactiques, variétales, culturales etc.) qui, associées, accroissent l’efficacité du contrôle de la bactérie.
Les pratiques culturales adaptées sont nombreuses :

•  Eviter l’irrigation par aspersion et favoriser celle au sol, en évitant le tronc;
•  Mettre en place, antérieurement à la culture, des plantations brise-vents, à l’intérieur et à proximité du champ;
•  Faire un suivi agronomique (fumure, irrigation) des agrumes et des brise-vents;
•  Tailler les arbres de manière à favoriser aération et ensoleillement des cultures.

Les pratiques variétales consistent en l’utilisation de variétés peu voire pas du tout sensibles à la bactérie. Il est également possible d’avoir recours à des porte-greffes limitant la vigueur des arbres et ainsi limitant la production des jeunes feuilles réceptives à la bactérie.

La lutte prophylactique s’organise essentiellement autour des activités d’entretien et surtout des activités de taille. Il s’agit d’organiser des opérations de taille uniquement lorsque les cultures sont sèches, et à des moments différents, selon que les parcelles soient saines ou infectées. De même, les rameaux et jeunes pousses malades doivent être éliminés (par la taille essentiellement), sortis des cultures et brûlés. A cela s’ajoute une désinfection du matériel de taille, qui peut facilement propager la bactérie.
Enfin, il est conseillé de mettre en place une surveillance approfondie des cultures et d’éviter l'emploi des plants porteurs de symptômes ou de chancre.

L’efficacité de la lutte chimique contre le chancre bactérien des agrumes est très limitée. A base de sels de cuivre, les traitements doivent être ciblés afin de ne pas abîmer fruits et feuilles. Selon la réglementation européenne, les sels de cuivre doivent agir pendant 21 jours.

Des cas de résistance aux sels de cuivre ont été décrits chez cette bactérie.