Comment classer les bactéries ? Quelle nomenclature utiliser ?

Classification des bactéries

La taxonomie la plus employée est structurée en domaine, règne, embranchement, classe, ordre, famille, genre et espèce, bien que parfois, certaines sous-catégories sont rajoutées, telles que tribu, sous-classe, sous-famille etc. Concernant les bactéries phytopathogènes, les bactériologistes rajoutent 2 taxons, en plus de l’espèce :

•  Le pathovar, subdivision permettant de démontrer une spécificité parasitaire entre une plante et la phytobactérie,
•  La race (ou biotype), permettant de déterminer si le pathovar n’attaque que certaine race (ou cultivar) de cette plante.

Au début, classer les bactéries n’a pas été une chose simple. En effet, la taxonomie s’appuyait sur des critères morphologiques, et leur variation entre les bactéries. Cependant, ce type de classification n’est envisageable uniquement pour les organismes complexes. En effet, les bactéries restent des êtres peu développés et montrant peu de différenciation. Par la suite, des critères moléculaires ont alors été pris en compte, permettant alors de mettre en place des classifications plus précises. Sont maintenant considérées non seulement les molécules des métabolismes primaires et secondaires (acides nucléiques, produits des gènes etc.), mais aussi celles des activités physiologiques des cellules. Ainsi, en se basant sur des données provenant de la comparaison des ARN ribosomaux ainsi que sur certains paramètres phénotypiques et physiologiques, les bactériologistes ont pu séparer les bactéries en 2 domaines : d’un côté les Archaebacteria et de l’autre les Eubacteria, dans lesquelles sont classées les bactéries phytopathogènes. De même, ils distinguèrent parmi les Eubacteria, 4 règnes distincts, dont les « bactéries Gram + » et les « bactéries gram – » (ou Proteobactériae), taxons regroupant ces phytobactéries particulières. (Les bactéries « Gram + » sont celles réagissant au réactif de Gram, les bactéries « Gram – » sont caractérisées par leur pourcentage en nucléotide C+G par rapport à l’ensemble des nucléotides A+T+C+G).

Nomenclature

La nomenclature bactérienne est régit par un certain nombre de règles toutes regroupées dans le « Code International de Nomenclature des Bactéries ». De plus, toute nouvelle nomenclature doit, soit être citée dans le Approved List of Bacterial Names (liste publiée dans l’ « International Journal of Systematic Bacteriology»), soit être publiée dans le International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. La nomenclature bactérienne officielle se rapproche de la nomenclature des organismes complexes, par l’utilisation de la dénomination binomiale genre + espèce, les deux écrits en latin et en italique, et le genre avec une majuscule. Pour les bactéries phytopathogènes, lorsque le pathovar est mentionné, il est également écrit en italique, et précédé du terme « pv. » pour pathovar.