Une nouvelle méthode de diagnostic capable de détecter plusieurs agents pathogènes en même temps

Les échanges commerciaux, fréquents entre ces îles, requièrent une vigilance particulière pour éviter la prolifération d’organismes nuisibles susceptibles d’entraîner des dégâts sur cette culture. Dans le cadre du volet « Contrôle de la qualité du matériel végétal » du Programme Régional de Protection des Végétaux (PRPV), l'équipe "Multiplex" travaille sur la mise au point d’un nouvel outil de diagnostic dans les laboratoires du Pôle de Protection des Plantes (3P) du CIRAD (Réunion) et ceux du MSIRI (Maurice).
La PCR multiplexe, actuellement en cours d’élaboration, permettra à terme de détecter les 3 principaux agents pathogènes de la tomate en même temps. Cet outil de diagnostic a été mis en place dans le but de favoriser les échanges bilatéraux entre les pays de l’océan Indien en certifiant que la marchandise est exempte des pathogènes suivants :

• Ralstonia solanacearum, bactérie présente dans de nombreuses régions tropicales et sub-tropicales, capable de parasiter plus de 55 familles botaniques incluant les Solanaceae. C’est une bactérie vasculaire qui entraîne un flétrissement généralisé puis une mort rapide des plants.
• Clavibacter michiganensis ssp michiganensis, bactérie à répartition mondiale, responsable du chancre bactérien de la tomate. Elle se transmet par les semences et provoque le dessèchement de la plante.
• TYLCV ( Tomato Yellow Leaf Curl Virus), virus appartenant au genre des Begomovirus et transmis par l’aleurode Bemisia tabacci. Cette maladie se retrouve sur tout le globe et entraîne le jaunissement des feuilles ainsi que leur atrophie, leur conférant une forme de cuillère. Il entraîne des pertes de rendement importantes.

Après une recherche bibliographique sur les outils de diagnostic existants, Azali Abdou Hamza, sous la direction de la phytopathologiste Isabelle Soustrade, a procédé à une première sélection de méthodes avec pour critères : sensibilité, spécificité et coûts. Les choix ont porté sur les amorces PCR, l’échantillonnage, les méthodes de broyage et d’extraction. Après la mise en place des tests en laboratoire, il a procédé aux tests in planta qui se sont montrés à la hauteur de leurs espérances. En effet, les trois pathogènes ont pu être détectés en même temps grâce aux méthodes sélectionnées. Les tests se poursuivent actuellement en laboratoire avec les autres membres de l'équipe. Reste à perfectionner l’outil et à en diminuer les coûts d’utilisation pour les pays de la région.
Outre la tomate, le programme multiplexe vise à identifier les agents pathogènes de la pomme de terre. Cette fois, ce sont 5 virus et 2 bactéries qui devront être détectés simultanément. Les recherches sur la pomme de terre sont effectuées en collabaration par le MSIRI et le CIRAD de la Réunion.

Après avoir effectué un stage de 6 mois sur la multiplex, le comorien Azali Abdou Hamza, a entamé en octobre 2006 une thèse sous la direction du chercheur Olivier Pruvost (CIRAD). Basé au Pôle de Protection des Plantes du CIRAD il étudie la « Diversité et le diagnostic des Xanthomonas spp. associés à la gale bactérienne de la tomate et des Capsicum spp. (piment, poivron) dans l’Océan Indien".

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